TÜBİTAK bünyesinde raylı ulaşım teknolojilerine yönelik Ar-Ge çalışmalarının geçmişi TÜBİTAK MAM Enerji Enstitüsü’nde yer alan araç ve raylı taşıt teknolojileri projelerine dayanmaktadır. Enerji Enstitüsü’nde yürütülen araç çekiş ve kontrol sistemlerine yönelik 2000’li yılların başlarında gerçekleştirilen başarılı projeler ve ortaya konan ürünler, ilerleyen yıllarda başlatılacak olan raylı taşıt projelerinin arka planını oluşturmuştur. Araç teknolojisi alanında deneyim kazanan uzman araştırma ekibi, birikimini raylı taşıt teknolojileri alanına taşıyarak lokomotif ve hafif raylı sistem araçları için çekiş ve kontrol sistemi ürünlerini başarıyla geliştirmiştir. Bu kapsamda başta TCDD ve TÜLOMSAŞ gibi bağlı ortaklar olmak üzere sektörün ana paydaşları ile etkili bir işbirliği gerçekleştirilmiş ve mevcut işbirliğinin daha da ileriye taşınması ihtiyacı doğmuştur.
15.06.2019 tarihli TCDD-TÜBİTAK ortak çalıştayının sonuç bildirgesinde, TCDD ile TÜBİTAK arasında, raylı ulaşım teknolojilerinin milli olarak geliştirilmesi konusunda kurumsal bir yapı ile işbirliği yapılması konusunda mutabık kalınmıştır. 11. Kalkınma Planı’da belirtilen ülke ihtiyaç ve hedefleri de dikkate alınarak, 21 Eylül 2019 tarihinde “Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu ve Türkiye Cumhuriyeti Devlet Demiryolları Arasında Raylı Ulaşım Teknolojilerine İlişkin İşbirliği Protokolü” imzalanmıştır.
Protokolde “dünyadaki gelişmeleri izleyerek, raylı ulaşım teknolojileri alanında öncü olmak ve bu sektörde ülkemizin teknolojik bağımsızlığını sağlamak amacını göz önünde tutarak, bu teknolojiler ile ilgili araştırma, geliştirme ve uygulama projeleri yürütecek Raylı Ulaşım Teknolojileri Enstitüsü’nün (Enstitü) TÜBİTAK bünyesinde kurulması” hedef olarak yer almıştır.
Bu hedefin gerçekleştirilmesi kapsamında TÜBİTAK Yönetim Kurulunun 12/10/2019 tarihli ve 13 sayılı toplantısında alınan karar ile TÜBİTAK RUTE, TÜBİTAK Gebze Yerleşkesi’nde kurulmuş ve mevcut uzman ekibin enstitüye transferi ile faaliyetlerine başlamıştır.